Ainda assim, integrantes do Ministério da Saúde não estão de acordo com o fim da emergência nacional, já que há o receio de redução da assistência a crianças com microcefalia. A Organização Mundial da Saúde (OMS) também havia declarado situação de emergência em saúde pública mundial devido ao problema em fevereiro de 2016, finalizada em novembro.
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