Houve várias reformas na igreja. Uma delas ocorreu no ano de 1931. Em 1958, o telhado cerâmico original foi substituído por amianto e o púlpito foi eliminado. Na década de 1970 houve reformas substanciais, entre elas a substituição da estrutura do altar-mor, originalmente de madeira, por alvenaria. Nos anos 1990 ocorreram reformas menores, principalmente na fachada.
São jogo que paga realmente Bernardo ( Bernardo de Claraval) foi escolhido como orago (padroeiro) da vila. Por isso, nos documentos do século XIX, Alcobaça é referida como ""Vila de São Bernardo de Alcobaça"". Diz uma lenda (não comprovada) que os primeiros moradores da Alcobaça brasileira eram oriundos da Alcobaça portuguesa. Até o século XIX a cidade foi ocupada por grandes senhores de escravos, sendo que uma dessa senzalas ainda está de pé no centro da cidade.