Além disso, os advogados sustentaram que o relator do processo no Conselho de Ética, deputado Marcos Rogério (DEM-RO), não poderia exercer a função, por ter se filiado a partido do mesmo bloco político que elegeu Eduardo Cunha na eleição de 2014.
Outra Aplicacao Bloqueada suposta irregularidade apontada ao Supremo pela defesa de Cunha é o fato de ter sido realizada uma votação nominal – em vez de eletrônica – no Conselho de Ética da Câmara, o que, na visão da defesa, causaria um efeito manada contra Cunha.