O atraso na construção decorreu de problemas identificados na infra-estrutura do solo (solo colapsivo), que levou à mudança na concepção da fundação, e ainda, à necessidade de adequação de planilhas às normativas da Caixa Econômica Federal. O custo total para construção do complexo será de R$ 12.693.407,04, sendo R$ 8.303.494,66 oriundos do Ministério da Justiça e R$ 4.389.912,38 de contrapartida do estado da Bahia.
A vai de bob área construída do Conjunto Penal de Eunápolis é de 7.260 m², abrigando os módulos administrativo, de saúde, de vivência e portaria, em um terreno de 96 mil m². A capacidade do conjunto é de 456 internos. É importante destacar que o projeto foi elaborado dentro das normas de acessibilidade e mobilidade para portadores de deficiência.