Além do processo de cassação na Câmara, o deputado do PMDB é alvo de uma ação penal no STF. A Procuradoria Geral da República (PGR) afirma que ele usou contas no exterior para lavar dinheiro desviado da Petrobras.
No como ganhar dinheiro na lobo 888 mandado de segurança que tentou suspender o processo de cassação, a defesa de Cunha apontou que ele não poderia perder o mandato enquanto estivesse afastado de suas atividades na casa legislativa por ordem do próprio Supremo.